โครงการแก้มลิงเป็นโครงการที่อาศัยหลักทางธรรมชาติมาเป็นแนวทางปฏิบัติ ดังที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงมีพระราชดำรัสถึงเรื่องนี้ไว้ว่า "ลิงโดยทั่วไป ถ้าเราส่งกล้วยให้ ลิงก็จะรีบปอกแล้วเอาเข้าปากไปเก็บไว้ที่แก้มลิง จะเอากล้วยไปไว้ที่กระพุ้งแก้มได้เกือบทั้งหวี โดยเอาไปไว้ที่แก้มก่อน แล้วจึงนำมาเคี้ยวบริโภคและกลืนเข้าไปภายหลัง"
ด้วยวิธีการเช่นนี้ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู ่หัว ทรงนำมาเป็นแนวคิดในการจัดการกับปัญหาน้ำท่วมกรุงเทพฯ และพื้นที่ใกล้เคียง โดยกำหนดให้มีการหาพื้นที่ว่างหรือแหล่งน้ำธรรมชาติ ที่สามารถรองรับและพักน้ำไว้ได้ในยามน้ำหลากก่อนที ่จะค่อยๆ ระบายลงสู ่แม่น้ำหรือทะเลในภายหลังเช่นเดียวกับที่ลิงเก็บตุนกล้วยไว้ในแก้มก่อนที่ค่อยๆ ออกมาเคี้ยวกินทีหลังนั่นเอง
จากหลักการนี้เอง ได้นำไปสู่โครงการแก้มลิงอันเนื่องมาจากพระราชดำริ โดยอาศัยวิธีการผันน้ำจากพื้นที่ตอนเหนือของกรุงเทพฯ ไหลลงมาตามคลองในแนวทิศเหนือและทิศใต้ มาเก็บกักและพักไว้ในคลองขนาด
ใหญ่บริเวณชายทะเล ซึ่งทำหน้าที่เป็นแก้มลิง เมื ่อถึงเวลาน้ำลง ซึ่งเป็นเวลาที่ระดับน้ำในคลองสูงกว่าระดับน้ำทะเล ก็ให้เปิดประตูระบายน้ำที ่ปากคลอง เพื่อให้น้ำไหลออกสู่ทะเลตามแรงโน้มถ่วงของโลก ในขณะเดียวกันก็ให้สูบน้ำออกอย่างช้า เพื่อช่วยในการระบายน้ำท่วมจากพื้นที ่ตอนบนไหลลง "แก้มลิง" ได้ตลอดเวลาและเมื่อเวลาน้ำขึ ้นก็ให้ปิดประตูระบายน้ำปากคลองเสีย เพื่อไม่ให้น้ำไหลย้อนกลับเข้าสู่ "แก้มลิง" ซึ่งเป็นไปตามหลักการ "น้ำไหลทางเดียว"
ด้วยแนวพระราชดำรินี้ จึงมี "แก้มลิง" กระจายอยู่ในพื้นที่จุดอ่อนน้ำท่วมแทบทุกแห่งทั้ง "แก้มลิง" ที่กรุงเทพ-มหานครจัดขึ้น และประสานกับส่วนราชการ รัฐวิสาหกิจอื่นๆ และยังมี "แก้มลิงเอกชน" ขนาดเล็กที่เกิดจากการร่วมกันอาสาของประชาชน โดยใช้แหล่งน้ำ เช่น บ่อพักน้ำในหมู่บ้านหรือบ้านเรือนของตนเก็บกักน้ำฝนไว้ระยะหนึ่ง ก่อนปล่อยออกสู่ระบบระบายน้ำสาธารณะในภายหลัง
ทั้งหมดนี้ล้วนเป็นพระราชหฤทัยของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ที ่ทรงมีพระมหากรุณาธิคุณแก่ประชาชนชาวไทย ในขณะที่สำนักการระบายน้ำได้สนองแนวพระราชดำริอย่างเป็นรูปธรรม ทำให้ปัญหาน้ำท่วมสามารถคลี่คลายไปได
ด้วยวิธีการเช่นนี้ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู ่หัว ทรงนำมาเป็นแนวคิดในการจัดการกับปัญหาน้ำท่วมกรุงเทพฯ และพื้นที่ใกล้เคียง โดยกำหนดให้มีการหาพื้นที่ว่างหรือแหล่งน้ำธรรมชาติ ที่สามารถรองรับและพักน้ำไว้ได้ในยามน้ำหลากก่อนที ่จะค่อยๆ ระบายลงสู ่แม่น้ำหรือทะเลในภายหลังเช่นเดียวกับที่ลิงเก็บตุนกล้วยไว้ในแก้มก่อนที่ค่อยๆ ออกมาเคี้ยวกินทีหลังนั่นเอง
จากหลักการนี้เอง ได้นำไปสู่โครงการแก้มลิงอันเนื่องมาจากพระราชดำริ โดยอาศัยวิธีการผันน้ำจากพื้นที่ตอนเหนือของกรุงเทพฯ ไหลลงมาตามคลองในแนวทิศเหนือและทิศใต้ มาเก็บกักและพักไว้ในคลองขนาด
ใหญ่บริเวณชายทะเล ซึ่งทำหน้าที่เป็นแก้มลิง เมื ่อถึงเวลาน้ำลง ซึ่งเป็นเวลาที่ระดับน้ำในคลองสูงกว่าระดับน้ำทะเล ก็ให้เปิดประตูระบายน้ำที ่ปากคลอง เพื่อให้น้ำไหลออกสู่ทะเลตามแรงโน้มถ่วงของโลก ในขณะเดียวกันก็ให้สูบน้ำออกอย่างช้า เพื่อช่วยในการระบายน้ำท่วมจากพื้นที ่ตอนบนไหลลง "แก้มลิง" ได้ตลอดเวลาและเมื่อเวลาน้ำขึ ้นก็ให้ปิดประตูระบายน้ำปากคลองเสีย เพื่อไม่ให้น้ำไหลย้อนกลับเข้าสู่ "แก้มลิง" ซึ่งเป็นไปตามหลักการ "น้ำไหลทางเดียว"ด้วยแนวพระราชดำรินี้ จึงมี "แก้มลิง" กระจายอยู่ในพื้นที่จุดอ่อนน้ำท่วมแทบทุกแห่งทั้ง "แก้มลิง" ที่กรุงเทพ-มหานครจัดขึ้น และประสานกับส่วนราชการ รัฐวิสาหกิจอื่นๆ และยังมี "แก้มลิงเอกชน" ขนาดเล็กที่เกิดจากการร่วมกันอาสาของประชาชน โดยใช้แหล่งน้ำ เช่น บ่อพักน้ำในหมู่บ้านหรือบ้านเรือนของตนเก็บกักน้ำฝนไว้ระยะหนึ่ง ก่อนปล่อยออกสู่ระบบระบายน้ำสาธารณะในภายหลัง
ทั้งหมดนี้ล้วนเป็นพระราชหฤทัยของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ที ่ทรงมีพระมหากรุณาธิคุณแก่ประชาชนชาวไทย ในขณะที่สำนักการระบายน้ำได้สนองแนวพระราชดำริอย่างเป็นรูปธรรม ทำให้ปัญหาน้ำท่วมสามารถคลี่คลายไปได
